1认证范围存在差异
HACCP认证业务范围仅包含：食物和饲料加工、餐饮业以及零售、运输和贮藏。
ISO22000认证业务范围包含：除了HACCP认证业务范围之外，还包含：农业、辅佐效劳（如食物包装生产）、生物化学（如食物添加剂等）
2跟踪监督的模式不同
ISO22000的跟踪监督方式，主要是监督审核，以及获证企业的信息通报。HACCP的跟踪监督方式，除了上述方式，还包含：跟踪调查。所谓跟踪调查方式，是指认证机构应在风险分析的基础上，策划采用不通知现场审核、生产现场产品抽样查验、商场抽样查验、调查问卷等方式对获证组织施行跟踪调查。
3采信程度不同
出口食物生产企业存案中，现在许多出入境查验检疫局采信HACCP认证成果，而不采信ISO22000认证成果。如 浙江出入境查验检疫局2014年6月12日发布的《关于印发出口食物生产企业存案采信HACCP系统认证工作规范的通知》就仅采信HACCP认证成果，而不采信ISO22000认证成果。
4内容存在差异
HACCP相关于ISO22000，有些新的内容，包含：
1）食物防护，强调了食物防护在食物安全的重要作用。
2）原辅料、食物包装材料安全卫生保障制度。
3）对HACCP计划的记录提出了清晰的要求。
但ISO22000，相关于HACCP，也有必定的优势，优势在于：
1）更紧密的逻辑关系，从条件计划、操作性条件计划到关键控制点，具有较紧密的科学性。
2）强调了交流的重要性，关于各种需要考虑的交流内容做了详细的规则。
3）强调验证，以及对验证成果的继续管理。
